“Tôi rất buồn là một cơ quan truyền thông của nhà nước mà lại đưa thông tin một cách sai lệch và phản sự thật một cách trắng trợn. Những hình ảnh vẫn còn lại đó. Người dân đến để xin nhà nước giữ cam kết đã ký là trước 16 giờ ngày 4/9 thả người thân của họ. Nhưng khi đến đấy, họ chứng kiến nhà nước đã dàn binh bố trận sẵn với 6-7 trăm cảnh sát cơ động, dân quân trang bị đầy đủ với cả lựu đạn cay và chó nghiệp vụ để ‘đón chờ’ nhân dân ở đấy. Trong thế giới hôm nay mà họ vẫn tiếp tục thông tin kiểu như vậy thì đó là nỗi buồn, buồn cho những người chỉ dùng bạo lực để nói, dùng dối trá để thanh minh như vậy. Chúng tôi vẫn tiếp tục đưa lên những bằng chứng sự thật.” 

Về hình ảnh truyền thông nhà nước trưng ra cáo buộc các giáo dân ném đá vào lực lượng công quyền, vị chức sắc đảm nhiệm chức Chủ tịch Ủy ban Công lý và hòa bình thuộc Hội đồng Giám mục Việt Nam phản hồi: 

“Những người hiện diện hôm đó ngạc nhiên khi thấy một số thanh niên lạ mặt trà trộn vào trong đám dân chúng và ném đá về phía cảnh sát để gây xáo trộn. Tôi rất tiếc người dân bị đặt vào tình thế bị lừa, bị những người có quyền lừa. Họ tạo ra cảnh đó để nói sai trái. Những hình ảnh một số cơ quan truyền thông đã đăng lên có rất nhiều điều dàn cảnh trong đó.” 

Đài truyền hình của nhà nước Việt Nam nói vụ việc ở Mỹ Yên bị các phần tử xấu trong và ngoài nước cố tình bóp méo thành một vụ trấn áp tôn giáo nhằm kích động, chia rẽ khối đại đoàn kết toàn dân. 

Giám mục Giáo phận Vinh khẳng định vụ việc ở giáo xứ Mỹ Yên là một vụ đàn áp tôn giáo và mạnh mẽ lên án hành xử bạo lực đẫm máu của cơ quan công quyền, đồng thời tuyên bố sẽ bảo vệ người dân:

“Vấn đề ở đây là đàn áp tôn giáo và vi phạm nhân phẩm, nhân quyền của người dân. Người dân đến để yêu cầu nhà nước thực hiện lời hứa. Những phụ nữ, những người thân của hai người bị bắt giữ đến với 2 bàn tay trắng mà tại sao một nhà nước pháp quyền lại hành động như vậy? Chúng tôi sẽ tiếp tục đứng về phía người dân. Chúng tôi là lãnh đạo của một tôn giáo, không bao giờ chủ trương bạo lực. Chúng tôi chủ trương đối thoại. Nhưng qua các sự kiện đã xảy ra, đối thoại gặp trắc trở, nhà cầm quyền đã cắt đứt sự đối thoại đó. Họ đã dùng bạo lực để đàn áp dân chúng. Chúng tôi không phải là một đảng phái. Chúng tôi vẫn cương quyết làm sao để quyền lợi và nhân phẩm người dân được bảo vệ và tôn trọng.”